车间打架后扣除三天工资是否合法，需视具体情况而定。从法律角度分析，若企业规章制度明确规定在车间打架属于严重违反劳动纪律的行为，且该规章制度制定程序合法，已向劳动者公示或告知，那么企业依据此规定扣除三天工资有一定合理性。因为劳动者有遵守企业规章制度的义务，打架行为扰乱了车间正常秩序，对企业管理造成负面影响。然而，企业没有相关明确且合法有效的规章制度，或者虽有规定但未履行法定程序告知劳动者，那么扣除三天工资的行为可能不合法。企业不能随意以未经劳动者知晓的规定来处罚劳动者。同时，扣除工资的额度也应合理，三天工资的扣除是否与打架行为造成的损害程度相匹配，也是判断其合法性的因素之一。若扣除工资过度影响劳动者基本生活，可能也不符合法律要求。总之，车间打架扣三天工资是否合法要综合考量企业规章制度及实际情况等多方面因素。

以上是律师的法律建议，如有疑问，欢迎进一步咨询。