对于占用他人耕地所建房屋的处理，需依据相关法律法规。首先，若该建房行为未经合法审批，属于违法占地建设。相关部门有权责令退还非法占用的耕地，限期拆除在非法占用耕地上新建的房屋。若建房者符合一定条件，比如因公共利益需要等特殊情形，经依法审批后，可在补办相关手续的情况下，使房屋合法化。对于已建成的违法房屋，若不符合土地利用总体规划，应坚决予以拆除，恢复土地原状。若符合规划，则可依法采取并处罚款等措施后，补办用地审批手续。处理此类问题时，需严格按照法定程序进行调查取证、认定违法事实、告知当事人权利义务，并依法作出处理决定。同时，要保障当事人的合法权益，对于因拆除违法建筑造成当事人合法财产损失的，应依法予以合理补偿。总之，要在维护土地管理秩序与保障当事人权益间寻求平衡，确保耕地得到有效保护，违法占地建房行为得到妥善处置。

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