侵占他人土地建房，赔偿需综合多方面因素确定。首先，应考量土地的原用途及价值，可参照当地同类土地的市场流转价格评估。对于地上建筑物，需根据其实际成本、折旧情况等进行核算。一般而言，赔偿涵盖土地价值损失与建房投入损失。土地价值损失通常按照侵占期间该土地应得的收益来计算，比如租金收益等。建房投入损失则包括建筑材料费用、人工成本等直接支出。若土地所有者因土地被侵占而遭受其他间接损失，如因无法正常使用土地导致的经营收益减少等，也应在赔偿范围内合理估算。具体赔偿数额，双方可先尝试协商解决，依据相关评估结果确定一个合理金额。若协商不成，土地所有者可通过法律途径，向法院提起诉讼，由法院根据实际情况及相关证据，依法作出公正的赔偿判决，以保障其合法权益。

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